O IBQP tem uma organização formada pela interseção de linhas de ação e programas estratégicos. 

 As linhas de ação são:

Educação e Capacitação através da Escola Brasileira de Produtividade Sistêmica (EBPS), que inclui programas de educação a distância e presencial

Pesquisa e Desenvolvimento aplicados sobre métodos, técnicas e práticas de gestão para as empresas e instituições

Extensão Sociotécnica na forma de assistência às empresas na aplicação de modelos de gestão de alta performance

Essas linhas permeiam os Programas:

Competitividade
Desenvolvimento Industrial
Desenvolvimento Sustentável
Empreendedorismo
Gestão Pública
Inovação
Produtividade Sistêmica
Tecnologias de Gestão